MTProto ставит цель совместить высокую скорость доставки сообщений и медиа с криптографической защитой данных поверх обычных транспортов вроде HTTP(S), TCP, UDP или WebSocket.
Протокол не полагается на защищённость сети: он шифрует и аутентифицирует каждое сообщение сам, обеспечивая целостность, конфиденциальность и perfect forward secrecy для секретных чатов.